首爾市為預防MERS（中東呼吸症候群冠狀病毒感染症），已大幅增加了列車、車站內部等地鐵設施防疫作業。

首先，針對乘客直接接觸的列車、洗手間、車站設施等部分，大幅強化了清潔與消毒作業。列車內部消毒由目前的每週一次增加為兩次；車廂內座椅、扶手環及手扶梯扶手等，與乘客身體直接接觸的部份則將進行每天消毒。

車站內部與洗手間每天、隨時進行清潔，消毒亦從每週一次增加為兩次。單次用交通卡購買機器的殺菌清潔則從每月一次改為每天消毒。

同時，為了加強洗手等個人衛生管理，首先在乘客流動率較大的三百餘個主要車站設置手部消毒機，洗手間內則將隨時補充肥皂等清潔用品。

為預防MERS感染，將集中宣導市民行動要領。每天將在車廂內、候車處電子螢幕播放30～40次的短片，說明感染時症狀、生活中預防守則等內容，同時將於車廂內廣播說明咳嗽時禮儀等事項。